Sau khi Tổng giám mục Philipphê Nguyễn Kim Điền qua đời năm 1988, Tổng giáo phận Huế được Hồng y Tổng giáo phận Hà Nội Giuse Maria Trịnh Văn Căn làm giám quản, sau khi Hồng y Căn qua đời thì linh mục Giacôbê Lê Văn Mẫn làm Giám quản.[12][14] Ngày 23 tháng 3[gc 1] năm 1994, khi nguyên Tổng giám mục phó Stêphanô Nguyễn Như Thể được Tòa Thánh bổ nhiệm làm Giám quản Tông Tòa Tổng giáo phận Huế với dạng thức Giám quản Sede vacante ad nutum Sanctae Sedis (Giám quản do trường hợp khuyết vị và do Tông Tòa định đặt).[15][16] Ông chính thức nhậm chức Giám quản ngày 12 tháng 5 cùng năm tại Nhà thờ chính tòa Phủ Cam. Tham dự lễ nhậm chức có 5 giám mục đến từ các giáo phận khác và 80 linh mục Tổng giáo phận Huế và ngoài Tổng giáo phận.[12]

Sau khi chính thức nhậm chức giám quản, Tổng giám mục Nguyễn Như Thể đã khôi phục lại được sự hoạt động của Đại chủng viện Huế. Đại chủng viện mở lại tháng 11 năm 1994, chiêu sinh các chủng sinh từ ba giáo phận là Huế, Kon Tum và Đà Nẵng. Ông cũng đã chủ sự nghi lễ tấn phong linh mục đầu tiên kể từ năm 1976, với 5 tân linh mục được phong vào tháng 9 năm 1994. Tháng 10 năm 1994, ông sang Rôma dự phiên họp Thượng Hội đồng Giám mục Thế giới với chủ đề: "Đời sống Thánh hiến và vai trò của nó trong Giáo hội và trong thế giới". Trong khuôn khổ Thượng hội đồng, ông có bài phát biểu vào ngày 7 tháng 10.[17]

Năm 1995, Tổng giám mục Nguyễn Như Thể được chọn làm Chủ tịch Uỷ ban Linh mục, Tu sĩ và Chủng sinh và giữ chức danh này trong hai nhiệm kỳ, đến năm 2001.[18][19] Với cương vị này, ông tổ chức Hội nghị 6 Đại chủng viện và khai sinh Học viện Liên Dòng nữ để đào tạo các nữ tu từ ba dòng tu: Dòng Mến Thánh Giá, Dòng Con Đức Mẹ Vô Nhiễm và Dòng Con Đức Mẹ.[20] Trong chuyến thăm mục vụ Ad Limina năm 1996 của Hội đồng Giám mục Việt Nam có 14 giám mục tham dự,[21] Tổng giám mục Thể là một trong số các giáo sĩ này và có bài giảng trong bối cảnh giám mục đoàn cử hành lễ tại Vương cung thánh đường Thánh Phaolô Ngoại thành.[22]